Tout commence sur Terre, dans la ville de Gardenia. Une fille, Bloom, rencontre une jeune fée, Stella, en train de se battre contre un ogre. Elle découvre qu'elle possède des pouvoirs magiques, et Stella lui apprend l'existence d'une école de fées nommée Alféa, réputée dans le monde de Magix. Mais avant d'y aller, les spécialistes aident les filles à capturer l'ogre. Une fois que ses parents lui ont donné l'accord pour partir, elle remplace une amie de Stella qui a annulé son inscription à Alféa. Une fois que l'école a été présentée aux jeunes élèves, Bloom doit partager sa chambre avec la fée des plantes qui s'appelle Flora. Une fois les filles enfuies, elles apprennent finalement (sauf Stella) le vrai nom de Bloom, caché pour prendre la place de l'amie de Stella à la base. Malgré cette ruse, Bloom reste à Alféa même si elle a désobéi au règlement. Bloom émet l'idée de créer un groupe entre elles, qui sera le Winx Club. Puis les Winx font connaissances avec les spécialistes, des garçons qui apprennent des manières de combattre à l'école de la Fontaine Rouge. Mais les Trix et les sorcières jalouses de cette alliance tentent tout pour faire échouer mais sans succès. Au fur et à mesure des cours et du temps, Bloom comprend qu'elle a été adoptée par ses parents sur Terre et qu'elle possède le plus grand pouvoir de la dimension qu'elle doit protéger. Mais Bloom s'inquiète, elle ne comprend pas d'où elle vient ni vraiment qui elle est. Ne se sentant pas à sa place, elle retourne à Gardenia, mais les Trix la suivent pour récupérer le pouvoir qu'elles cherchaient désespérément. Une fois le pouvoir acquis, laissant Bloom sans pouvoir, elles lui apprennent qu'elle est la princesse de la planète Domino, maintenant déserte à cause des attaques des ancêtres des Trix et que sa sœur, la nymphe Dafné lui a sauvé la vie pour protéger la Flamme du Dragon. Bloom décide de revenir à Magix pour reprendre ses pouvoirs, mais les Trix envahissent Magix en commençant par la Tour Nuage, la ville de Magix et la Fontaine Rouge grâce aux créatures de l'Ombre qu'elles peuvent contrôler par la Flamme du Dragon. Alféa devient un vrai centre militaire qui rassemble tous les élèves des trois écoles pour battre les Trix. Bloom retrouve confiance en elle grâce à sa sœur dans le lac Roccaluce et retrouve ses pouvoirs. Une fois les Trix à Alféa pour faire la bataille finale, Bloom arrive pour les arrêter. Les Winx aident Bloom à les battre et gagnent. Les Trix sont envoyés au monastère de Roccaluce, très protégé, pour être soignés de leur méchanceté. L'année suivante, après la fête de la rentrée, les Winx aident une jeune nommée Layla très blessée par le Phénix. Une fois soignée, elle intègre le Winx Club et l'école d'Alféa. Elle aide Sky et Brandon, deux spécialistes, Bloom et Stella pour sauver les Mini-Fées des griffes du Phénix qui veut en tirer des informations à propos de la location de leur village. Mais Brandon doit se marier avec Amentia, la princesse des Basses-terres, malgré son avis et celui de Stella, sauvée à temps de ce mariage forcé grâce à Amore, la Mini-Fée de l'amour. Une fois les Mini-Fées sauvées, ils retournent à Alféa et les Winx font une connexion parfaite avec une Mini-Fée, chacune ayant des pouvoirs propres, mais sont victimes par la suite de sortilèges pour indiquer au Phénix la situation exacte du village. Plus tard, le Phénix libère les Trix du centre de Roccaluce en leur donnant des "bloomix" pour acquérir le codex. Le codex est divisé en quatre parties, une dans chaque école et une autre au village des Mini-Fées. Après la cérémonie de la reconstruction de la Fontaine Rouge plus moderne, les Trix prennent la partie du codex. Malgré cette défaite, les Winx découvrent un nouveau professeur, Avalon, qui leur apprend des techniques d'attaque et d'usage de la magie, notamment les pouvoirs de convergence de magie entres elles qui les rendent plus puissantes. Ensuite, pour sauver Avalon d'un empoisonnement, Livy, la Mini-Fée messagère, guide par inadvertance les créatures de l'Ombre vers le village qui prennent la deuxième partie du codex. Puis elles défendent la Tour Nuage des Trix et elles parviennent à prendre la troisième partie du codex. Bloom voulant en apprendre plus sur son passé grâce à ce professeur, elle se fait envahir par un virus maléfique pour que le Phénix obtienne la dernière partie du Codex. Par ces évènements elles perdent confiance entre elles.Puis Bloom,en surmontant son impulsivité, acquit son charmix,un joyau qui coïncide avec la source d'énergie de chaque Winx. Elles partent en vacances et Stella et Musa voient leur charmix augmenter la puissance de leurs pouvoirs,Stella en devenant amie avec Layla et Musa en apaisant la situation entre Riven et elle-même. Puis, après s'être sauvées des Winx,Layla et Tecna acquièrent leur charmix,Layla en affrontant sa peur de la solitude et Tecna en admirant Timmy, puis Flora fait de même en dévoilant ses sentiments à Helia(voir épisode 20 à 23 de la saison 2). En rentrant, Bloom est kidnappée par Avalon qui n'est qu'un clone du vrai professeur qui venait de s'enfuir de sa prison auprès du Phénix. Elle est convertie en une Bloom maléfique pour réussir à prendre le pouvoir du codex. Grâce à l'aide d'Amentia et de leurs professeurs, les spécialistes et les Winx sauvent Bloom et détruise le Phénix, laissant les Trix bloquées dans le relix. Puis ils retournent tous sains et saufs à Alféa pour clôturer leur année scolaire riche en émotions…

Saison 1 

  01 (1-01) : Les pouvoirs de Bloom (Una fata a Gardenia)
  02 (1-02) : Bienvenue à Magix (Benvenuti a Magix)
  03 (1-03) : Alféa, l'université des fées (L’anello di Stella)
  04 (1-04) : La voix de la nature (La palude di Melmamora)
  05 (1-05) : La rançon (Appuntamento al buio)
  06 (1-06) : Les Winx passent à l'action (Missione a Torrenuvola)
  07 (1-07) : La Tour Nuage (A che servono gli amici?)
  08 (1-08) : L'accident de Riven (La festa della rosa)
  09 (1-09) : La trahison de Riven (Il tradimento di Riven)
  10 (1-10) : Voyage virtuel (La fiamma del drago)
  11 (1-11) : Les mystérieux marécages (Il regno delle ninfe)
  12 (1-12) : Miss Magix (Miss Magix)
  13 (1-13) : Le grand secret (La Figlia del Fuoco)
  14 (1-14) : Le secret de Bloom (Il segreto di Bloom)
  15 (1-15) : Les voix du passé (Voci dal passato)
  16 (1-16) : Le cauchemar (Il nemico nell’ombra)
  17 (1-17) : Le secret de Brandon (Il segreto di Brandon)
  18 (1-18) : Adieu Alféa (Addio Magix!)
  19 (1-19) : La chute de Magix (Attacco ad Alfea)
  20 (1-20) : Mission sur Domino (La scomparsa di Bloom)
  21 (1-21) : La couronne de Domino (Trappola di ghiaccio)
  22 (1-22) : Le retour de Riven (Il ritorno di Riven)
  23 (1-23) : La grande évasion (Fuga da Torrenuvola)
  24 (1-24) : L'offensive des Trix (Il mistero del lago)
  25 (1-25) : L'ultime défi (Il sonno di Magix)
  26 (1-26) : La bataille finale (Battaglia finale)

Saison 2

  27 (2-01) : Le phoenix (La Fenice D'Ombra)
  28 (2-02) : Les mini-fées (Il Ritorno delle Trix)
  29 (2-03) : Les mini-fées ont disparu (Rescue Mission)
  30 (2-04) : Un coup de foudre (La Principessa Amentia)
  31 (2-05) : Connexion parfaite (Magico Bonding)
  32 (2-06) : Le mariage de Brandon (Il Matrimonio di Brandon)
  33 (2-07) : La pierre mystérieuse (La Pietra Misteriosa)
  34 (2-08) : Une fête inoubliable (Il guasta feste)
  35 (2-09) : Le secret du professeur Avalon (Il segreto del Professor Avalon)
  36 (2-10) : La crypte du Codex (La cripta del codice)
  37 (2-11) : La course contre la montre (Corsa contro il tempo)
  38 (2-12) : Les Winx passent à l'action (Unite per la Vittoria)
  39 (2-13) : La danseuse (La Dama del Ballo)
  40 (2-14) : Bataille sur la planète Eraklyon (Battaglia sul Pianeta Eraklyon)
  41 (2-15) : Que la fête continue (Lo Spettacolo Continua)
  42 (2-16) : Hallowinx (HalloWinX)
  43 (2-17) : L'alliance improbable (Gemellaggio con le Streghe)
  44 (2-18) : Au cœur du danger (Nel Cuore di Torrenuvola)
  45 (2-19) : L'espion de l'ombre (La Spia nell'Ombra)
  46 (2-20) : Le village des Pixies (Il Villaggio delle Pixies)
  47 (2-21) : Le pouvoir du Charmix (Il Potere del Charmix)
  48 (2-22) : L'attaque des Trix (Wildland: La Grande Trappola)
  49 (2-23) : Moment de vérité (Il Momento della Verità)
  50 (2-24) : La prisonnière du donjon (Prigioniera di Darkar)
  51 (2-25) : Face à face (Faccia a Faccia con il Nemico)
  52 (2-26) : Le dernier combat (Le Ceneri della Fenice)

Saison 3